Setting Fate/Apocrypha adalah dunia paralel untuk Fate/stay night di mana Cawan Besar telah dihapus dari Fuyuki setelah Perang Cawan Suci Ketiga dan menghilang selama bertahun-tahun. Sekitar tahun 2000-an, sekitar waktu yang sama dengan Perang Cawan Suci Kelima akan terjadi, kelompok yang menjarah Cawan, Yggdmillennia, secara terbuka menyatakan pemisahan diri mereka dari Asosiasi Penyihir dan bahwa mereka memiliki Cawan tersebut. Asosiasi mengirim lima puluh orang majus untuk mengambilnya, tetapi semua kecuali satu langsung dibantai oleh Lancer of Black. Yang tersisa berhasil mengaktifkan sistem cadangan Greater Grail, memungkinkan pemanggilan total empat belas Servant. Ini menandai dimulainya Perang Cawan Suci Besar di Trifas, menampilkan dua faksi yang berbeda, Faksi Hitam, yang anggotanya merupakan bagian dari Yggdramillennia, dan Faksi Merah, yang anggotanya dikirim oleh Asosiasi Penyihir dengan pengecualian satu dari Gereja. . Grail sendiri juga memanggil Ruler untuk bertindak sebagai mediator Holy Grail War.