Dua tahun telah berlalu sejak penyerbuan CCG di Anteiku. Meskipun suasana di Tokyo telah berubah secara drastis karena pengaruh CCG yang meningkat, hantu terus menimbulkan masalah karena mereka mulai berhati-hati, terutama organisasi teroris Pohon Aogiri, yang mengakui ancaman CCG yang semakin besar terhadap keberadaan mereka. Pembentukan tim khusus, yang dikenal sebagai Pasukan Quinx, dapat memberi CCG dorongan yang mereka butuhkan untuk memusnahkan penduduk Tokyo yang tidak diinginkan. Sebagai manusia yang telah menjalani operasi untuk memanfaatkan kemampuan khusus hantu, mereka ikut serta dalam operasi untuk membasmi makhluk berbahaya tersebut. Pemimpin kelompok ini, Haise Sasaki, adalah setengah ghoul, setengah manusia yang telah dilatih oleh penyelidik kelas khusus terkenal, Kishou Arima. Namun, ada lebih banyak pemuda ini daripada yang terlihat, karena ingatan yang tidak diketahui mencakar pikirannya, perlahan mengingatkannya pada orang yang dulu.
