Dalam sekejap mata, langit malam berubah selamanya ketika, dengan ledakan besar, bulan hancur menjadi bentuk sabit permanen. Menghadapi pemerintah dunia, monster bertentakel kuning itu membual bahwa dialah yang bertanggung jawab atas bencana tersebut, dan dalam waktu setahun, ia akan melakukan hal yang sama kepada Bumi. Melaju dengan kecepatan Mach 20, makhluk itu mengajukan tuntutan aneh: posisi mengajar di Sekolah Menengah Pertama Kunugigaoka yang bergengsi. Karena putus asa untuk menjaga makhluk itu tetap di satu tempat, pemerintah setuju, dan para siswa Kelas 3-E mendapati diri mereka dihadapkan pada tugas yang mustahil—membunuh makhluk yang bertanggung jawab atas kehancuran bulan. Tetapi ketika makhluk misterius itu—yang mereka juluki Koro-sensei—mendidik mereka dalam hal pembunuhan dan akademisi, anak-anak itu perlahan menemukan keberanian untuk bangkit dan membidik target mereka: guru terhebat yang pernah ada di dunia.
