Cerita ini berfokus pada protagonis berusia 16 tahun, Akira Kurusu, yang dipindahkan ke Sekolah Menengah Shujin di Tokyo setelah dia dituntut oleh seorang pria yang memiliki hubungan politik atas kekerasan yang tidak ada ketika Akira menyelamatkan seorang wanita dari penganiayaan oleh manusia, yang mengarah ke masa percobaannya. Sesampainya di Tokyo, dia menemukan aplikasi misterius terinstal di ponselnya yang memungkinkan dia memasuki dunia lain yang terbentuk dari hati orang dewasa yang korup di mana dia membangkitkan kekuatannya yang disebut Persona. Selama berada di sana, dia bergabung dengan dua siswa Ryuuji Nakamoto dan Anne Takamaki, dan makhluk mirip kucing yang bisa berubah bentuk yang dikenal sebagai Morgana. Merasa tertekan oleh lingkungannya, keempatnya membentuk kelompok yang dikenal sebagai "Phantom Thieves of Heart" untuk mencuri hati orang dewasa yang korup dan mereformasi masyarakat.
