Serial ini mengikuti kisah Sho Izuta, seorang siswa kelas satu di SMA Tsuna Nagai, sekolah yang terkenal karena fokusnya pada ilmu pengetahuan. Ia juga berupaya menghidupkan kembali Klub Biologi sekolah. Ia terlibat dengan teman sekelasnya, Rio Iwama, setelah keduanya memutuskan untuk menyelidiki misteri terkait legenda populer di sekolah. Menurut legenda, siswa yang menyaksikan dua pohon sakura di dekat sekolah membentuk bentuk hati akan menjadi pasangan. Namun, setelah tersebar kabar bahwa tidak ada yang melihat bentuk hati tersebut akhir-akhir ini, keduanya memutuskan untuk menyelidiki lebih lanjut. Keduanya, bersama dengan anggota Klub Biologi lainnya, juga tertarik pada misteri sekolah, dan berupaya memecahkannya dengan menggunakan metode ilmiah.
