Selamat datang di dunia di mana mistisisme dan sains bertabrakan, dan kekuatan gaib berasal dari sains atau agama. Di jantung dunia ini adalah Academy City, sebuah kota metropolis maju yang populasinya sebagian besar terdiri dari siswa. Mayoritas siswa terdaftar di "Program Kurikulum Kekuatan" kota, di mana mereka harus belajar untuk menguasai kekuatan psikis laten mereka. Dari beberapa juta siswa, hanya tujuh yang dianggap cukup kuat untuk memiliki status Level 5. Temui Mikoto Misaka, ESPer Level 5 terkuat ketiga di Academy City. Bersama dengan sahabatnya Kuroko Shirai dan anggota Judgment lainnya, sebuah lembaga penegak hukum yang dikelola siswa, Mikoto menggali jauh ke dalam inti gelap dari penyebaran ilmiah yang dia sebut rumah, dan mengungkap rahasia yang dia harap tidak dia miliki!
