Anak ajaib berusia sepuluh tahun Negi Springfield, baru saja lulus dari akademi sihir, dan untuk menjadi master mage dia dikirim ke Jepang untuk mengajar bahasa Inggris di sekolah menengah khusus perempuan. Namun Negi memiliki mimpi yang lebih besar dari sekedar menjadi master mage. Dia ingin menemukan ayahnya yang hilang, "The Thousand Master", penyihir terkuat yang pernah hidup. Dan dia segera menemukan bahwa mencari ayahnya tidak akan semudah yang dia harapkan. Faktanya, itu mendorong dia dan murid-muridnya ke dalam pertempuran hidup atau mati yang menentukan nasib jutaan orang.
